Η οικογένειά της είχε μετακομίσει στο Άμστερνταμ όταν οι Ναζί πήραν την εξουσία στη Γερμανία, αλλά παγιδεύτηκε εκεί. Καθώς οι διώξεις των Εβραίων εντάθηκαν, η οικογένεια άρχισε τον Ιούλιο του 1942 να κρύβεται σε μυστικά δωμάτια του γραφείου του πατέρα της , Όττο Φρανκ. Μετά από δύο χρόνια, κάποιοι τούς κατέδωσαν και όλοι στάλθηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης.
Η Γκεστάπο λεηλάτησε τη σοφίτα, όπου κρυβόταν η οικογένεια, αφήνοντας πεταμένα στο πάτωμα περιοδικά, βιβλία, εφημερίδες. Λίγες μέρες αργότερα, μια καθαρίστρια βρήκε ανάμεσα στα σωρό, το ημερολόγιο της Άννα και το παρέδωσε στη Μιπ και την Έλλη, δύο κορίτσια, που βοηθούσαν εβραϊκές οικογένειες.
Η Άννα και η αδελφή της, Μαργκότ, μεταφέρθηκαν στο γερμανικό στρατόπεδο Μπέργκεν Μπέλζεν. Εκεί η Άννα έδειξε δύναμη και καρτερικότητα, χαρακτηριστικά που την είχαν κάνει γνωστή νωρίτερα στο Άουσβιτς. Τον Φεβρουάριο του 1945 και τα δυο κορίτσια αρρώστησαν από τύφο. Ο θάνατος της αδελφής της στο στρατόπεδο, τσάκισε το ηθικό της. Λίγες μέρες αργότερα, Μάρτιο του 1945, η Άννα πέθανε. Ο πατέρας της, Όττο, ο μόνος από τους οκτώ της σοφίτας που επέζησ , μετά το τέλος του πολέμου ανακάλυψε ότι το ημερολόγιό της είχε διασωθεί και προχώρησε στην έκδοσή του. Το ημερολόγιο εκδόθηκε στην ολλανδική γλώσσα, με τον τίτλο Het Achterhuis (Το πίσω σπίτι).
Γραμμένο στα ολλανδικά, μεταφράστηκε σε πολλές γλώσσες κι έγινε ένα από τα πιο πολυδιαβασμένα βιβλία στον κόσμο. Διασκευάστηκε για την τηλεόραση, τον κινηματογράφο, το θέατρο και την όπερα. Το βιβλίο δίνει μια λεπτομερή περιγραφή της καθημερινότητας κατά τη διάρκεια της Ναζιστικής Κατοχής. Μέσα από το ημερολόγιό της, η Άννα Φρανκ έγινε ένα από τα πιο γνωστά θύματα του Ολοκαυτώματος.